临床医学一级学科博士点，临床医学、护理学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学等8个一级学科硕士点，6个专业硕士学位授权点；设有临床医学一级学科博士后科研流动站。拥有1个国家工程技术研究中心、1个省部共建国家重点实验室培育基地、13个省部级重点实验室（研究中心）、1个浙江省“2011协同创新中心”；2个浙江省“重中之重一级学科”，3个浙江省A类一流学科、7个B类一流学科，10个浙江省高校重点学科。
　　学校有38个本科专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。目前有全日制在校生16275人（不含独立学院——温州医科大学仁济学院），其中博士研究生118人，硕士研究生2839人，学历教育留学生742人。学校已形成从本科生到硕士生、博士生及博士后，从全日制到成人教育、留学生和港澳台学生教育全方位、多层次的人才培养体系。　
　　目前学校拥有国家特色专业建设点4个、国家级教学团队1个、国家级人才培养创新实验区1个、国家级实验教学示范中心2个、国家级实践教育基地1个、国家级精品资源共享课程5门、国家双语教学示范课程1门，获教育部“卓越医生教育培养计划”试点项目5个、国家专业综合改革试点项目1个。获国家级教学成果二等奖2项。临床医学类毕业生参加国家执业医师资格考试通过率一直位居全国前10%。
　　学校承担国家级科研项目800余项，科研成果获得省部级以上奖励130余项，其中获国家科技进步奖一等奖、国家科技进步奖二等奖4项、国家技术发明奖二等奖1项、中华医学科技奖一等奖3项、中国药学会科技奖一等奖1项、浙江省科学技术奖一等奖9项。
　　学校积极推进教育国际化，与22个国家（地区）的一百余所高校、教育科研机构建立了良好的交流合作关系，开展包括合作办学、互派学者、学生交流交换、合作研究等各种形式的合作项目。分别与泰国东方大学、纽约州立大学合作成立了孔子学院。
　　学校现有4个校区，总占地面积2000亩，校舍建筑面积55万多平方米。图书馆馆藏文献194万册。学校主办、编辑出版5种学术期刊、1种学术报刊，其中3种期刊入选“中国科技核心期刊”，《中华眼视光学与视觉科学杂志》为中华医学会系列杂志。学校拥有5所附属医院，其中4所为三级甲等医院，同时在浙江省设有18所非直管附属医院（临床学院）。
　　学校秉持“仁肃勤朴、求是奋发”的校训，逐渐形成了“以特色学科引领和带动全面发展，以推进国际化进程提升办学水平，以医疗和产学研一体化服务于地方经济社会发展”的办学特色，探索出了一条地方高等院校的强校之路。
　　学校的发展定位是：以本科教育为主，积极发展研究生教育；以医学学科为重点，多学科协调发展；立足浙江，服务全国，面向世界；办学特色鲜明、国内一流、有国际影响的应用研究型大学。